Ustavno sodišče RS je po uveljavitvi, vendar še pred začetkom uporabe ZNOJF-1 (13. 4. 2006), začasno zadržalo izvrševanje zakona do končne odločitve, ki jo je sprejelo 29. 3. 2007. Peta točka odločbe Ustavnega sodišča sicer izrecno ne podaljšuje zadržanja izvrševanja ZNOJF-1, pač pa enako kot v predhodnem sklepu določa, da se uporabljajo določbe Zakona o preprečevanju korupcije (ZPKor) in podzakonski predpisi, sprejeti na njihovi podlagi, razen petega odstavka 39. člena ter 40. do 43. člen tega zakona. Ustavno sodišče namreč poudarja, da bi bila glede na sprejeto odločitev izdelava in sprejem načrtov integritete nesmiselna, ravno tako pa se naj ne uporablja določba, o kateri je Ustavno sodišče odločalo že s sklepom Ustavnega sodišča z dne 3. 11. 2005. Pri tem ni nepomembno poudariti, da je Ustavno sodišče RS kot neskladne z Ustavo RS označilo tudi določbe prvega, četrtega, petega in šestega odstavka 28. člena in prvi odstavek 30. člena ZPKor in se torej tudi v času začasnega zadržanja ZNOJF-1 izvršujejo na način, ki ga je določilo Ustavno sodišče na podlagi 40. člena Zakona o ustavnem sodišču. Do uskladitve prvega odstavka 3. člena ZNOJF-1 z Ustavo RS se še vedno uporabljajo določbe razveljavljenega ZPKor, ki ne velja od 11. 3. 2006. To pomeni, da Komisija za preprečevanje korupcije kot samostojen državni organ opravlja naloge po ZPKor za 5.182 funkcionarjev v Republiki Sloveniji, od tega jih je 3.630 na lokalnem nivoju, 413 na državnem nivoju, 1.139 pa na sodiščih, tožilstvu in pravobranilstvu.

Cilj novega zakona je uskladitev ZNOJF-1 z Ustavo RS. Ustava RS izrecno ne govori o protikorupcijskem delovanju, vendar pa zahteva po preprečevanju korupcije izhaja iz načela pravne države. Korupcija ogroža vladavino prava in spodkopava zaupanje ljudi v ključne državne institucije, zmanjšuje politično stabilnosti in socialni mir. V Sloveniji ratificirane mednarodne pogodbe posebne organiziranosti na področju preprečevanja korupcije ne zahtevajo. Osrednja izvajalka protikorupcijske strategije je izvršilna veja oblasti, na čelu z Vlado RS. Represivni ukrepi zoper korupcijo pa so predpisani v Kazenskem zakoniku.

Do začetka leta 2009 bo v skladu s prehodnimi določbami naloge po tem zakonu opravljala Komisija za preprečevanje korupcije, tako da je potrebno zagotoviti finančna sredstva za njeno delovanje, ki doslej niso bila načrtovana zaradi predvidene ukinitve Komisije za preprečevanje korupcije z ZNOJF-1. Sredstva za delovanje Komisije za preprečevanje korupcije do konca leta 2007 so zagotovljena s razporeditvami sredstev iz tekoče proračunske rezerve. Razporejena so bila sredstva v višini 100.000 eurov. Ocena finančnih posledic sprejetja Zakona o integriteti v javnem sektorju navaja, da bo Komisija za preprečevanje korupcije za svoje delovanje potrebovala cca. 1 milijon eurov v letu 2008 in cca. 2 milijona eurov v letu 2009. Vladni predlog spremembe proračuna za leto 2008 glede na predvideni obseg nalog Komisije za preprečevanje korupcije predvideva proračunska sredstva v višini 596.000 eurov v letu 2008.

Ta zakon v skladu z odločbo Ustavnega sodišča prerazporeja naloge Komisije Državnega zbora na Računsko sodišče in druge organe. Na področju nezdružljivosti se naloge delijo na organe, določene v 7. členu zakona, nadzor nad preostalimi določbami zakona pa opravlja Računsko sodišče, ki bo v ta namen po preteku prehodnega obdobja prevzelo tudi del javnih uslužbencev Komisije za preprečevanje korupcije. V uvodnih obrazložitvah ZNOJF-1, ki ga je v obravnavo predložila skupina poslancev s prvopodpisanim Zmagom Jelinčičem Plemenitim, je bilo zapisano, da sprejem zakona nima učinkov na proračun. Naloge Komisije za preprečevanje korupcije se naj bi z razveljavitvijo ZPKor in začetkom uporabe ZNOJF-1 prenesle na državnozborsko komisijo in sodni svet. Sprejem tega zakona po izteku prehodnega obdobja pomeni povečanje potrebnih finančnih sredstev za plače, materialne stroške ter investicije pri Računskem sodišču ter v državni upravi, povezanih s prehodom nalog in javnih uslužbencev iz Komisije za preprečevanje korupcije, ki jih ocenjujemo na 245.000 oz. 250.000 eurov na letnem nivoju (2009/2010) in jih bo potrebno zagotoviti v proračunu za leto 2009 in naslednja leta. Ker pa se hkrati ukinja Komisijo za preprečevanje korupcije, bo prišlo do prihranka v višini izdatkov za plače in prispevke dosedanjih funkcionarjev Komisije za preprečevanje korupcije, saj je v vladnem predlogu proračuna za leto 2009 za delo Komisije za preprečevanje korupcije predvidenih 594.575 eurov. Sprejem zakona ne bo imel posledic za druga javnofinančna sredstva. Opravljanje nadzora nad nezdružljivostjo funkcij v organih lokalnih skupnosti ne predstavlja večjega strokovno-tehničnega bremena.

Zakon vključuje tudi notarje, ki so nosilci javnih pooblastil in osebe, ki uživajo visoko javno zaupanje, zato je primerno, da se tudi zanje uporablja sistem omejitev in prepovedi za nosilce javnih funkcij ter se tako s transparentnostjo delovanja utrjuje zaupanje vanje.

Poglavitne rešitve zakona
Dosedanja zakonska ureditev je za opravljanje nalog po ZNOJF-1 pristojnost podeljevala Sodnemu svetu (za funkcionarje sodne veje oblasti) in komisiji Državnega zbora Republike Slovenije (za vse ostale funkcionarje). Ustavno sodišče RS je odločilo, da je v neskladju z načelom delitve oblasti ureditev, ki pristojnost nadzora nad javnimi funkcijami v vseh vejah oblasti, razen sodni, koncentrira pri Državnem zboru RS. Preobsežno pooblastilo ogroža ravnotežje med vejami oblasti. Novi zakon v skladu z odločbo Ustavnega sodišča pristojnost za nadzor nad javnimi funkcijami v različnih vejah oblasti podeljuje:
# Računskemu sodišču, ki ima samostojen in neodvisen položaj v sistemu državne oblasti, za nadzor nad prepovedmi in omejitvami pri sprejemanju daril, prijavo premoženjskega stanja funkcionarjev in prepovedjo poslovanja;

# organom, pristojnim za imenovanje funkcionarja, Državni volilni komisiji, občinskim in pokrajinskim volilnim komisijam, Sodnemu svetu, Državnotožilskemu svetu za nadzor nad nezdružljivostjo funkcij in drugih pridobitnih dejavnosti.

Tovrstna ureditev je skladna z načelom delitve oblasti, saj se nadzor opravlja:
# v okviru siceršnjega ustavnega nadzorstvenega položaja,
# v skladu z avtonomnostjo lokalne skupnosti oziroma
# v organu, ki ima samostojen in neodvisen položaj v sistemu državne oblasti.